以下に日本版のファンタジーサッカーとの違いをまとめてみます。

1. Yahoo! IDが違う
　日本のファンタジーサッカーで使っているIDでは遊べません。
　日本のは Yahoo! Japan のIDですので、本家 Yahoo! のIDを持っていないかたは、新たに取得する必要があります。
　→Yahoo! IDの取得方法

2. 1チームは最大23名、1つの国から最大3人まで
　日本チームで固めたいと思ったかたは残念！
　同じ国からは最初は3人までしか選べません。他の国の情報も集めないといけませんね。（決勝トーナメントに入ったら、3人以上も選べるようになるみたいです）
　獲得できる選手は23人までで、スタメン選手と12人の交代選手の設定ができるようです。

3. 選手の獲得、放出には回数制限あり
　最初の23人は慎重に選んでください。選手の入れ替えには制限があって、最大で2人ずつ、合計２回(グループリーグ・ベスト16)の「移籍」が可能です。
（追記1：6月9日の開幕までは自由に選手の入れ替えができるようです。）
（追記2：チームの登録後、IDの取得方法で取得（または入力）したメールアドレスに、ファンタジーゲームからのメールが届きます。そのメールの文中に「ここをクリックして、マクドナルドのファンタジーゲーム情報をもっと受け取ることができます」とあるので、“ここ”をクリックすると各ステージの移籍回数が1回ずつ増えます）


4. 編成は試合中以外ならいつでもできます
　いつでも何度でもスタメン選手の編成ができます。ただし現在試合が行われているチーム（およびその日の試合が終わったチーム）の選手についてはスタメンからベンチ、ベンチからスタメンへの移動ができません。

　先の試合の編成を事前に決めておくこともできます。
　マイチームのページの左側にあるカレンダーの日付をクリックすることで、先の試合日の編成をすることができます。（編成をしていない日は、編成をしてある最後の日の編成が引き継がれるようです。たとえば、9日、10日、12日と編成してある場合、11日は10日の編成、13日以降は12日の編成と同じになる）
（試合の日程を把握しておく必要がありそうですね）

5. システムは４つ
　4-4-2、3-5-2、3-4-3、4-3-3 の４つ。日本版にある4-5-1はありませんね。

6. ポイント算出は単純
　日本のはかなり複雑になっていますが、Ｗ杯版は簡単です。
　以下がすべてです。

攻撃ポイント
　ゴール(G)          5ポイント
　PKゴール(PKG)      5ポイント
　アシスト(AST)      3ポイント
　枠内シュート(SOG)  3ポイント
　PKミス(PKM)       -5ポイント
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守備ポイント
　タックル成功(TKC)  1ポイント
　ファウル(FC)    -0.5ポイント
　イエローカード(YC)-3ポイント
　レッドカード(RC)  -6ポイント
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ゴールキーパーポイント
　セーブ(SAV)        2ポイント
　PKセーブ(PKS)      8ポイント
　失点(GA)          -3ポイント
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※いずれも１回あたりのポイント

　ちなみに、日本版と同じくキャプテンを１人決めることができて、そのポイントは２倍になります。

7. 資金・年俸はなし
　選手獲得のための資金や、各選手のファンタジー年俸はありません。
　つまり自由にどの選手でも獲得できるってわけです。Ｊリーグ版のように資金のやりくりに苦労することはなさそうです。

ざっとこんなところでしょうか。
詳しくは公式サイトのヘルプで確認してください。