| 順位 | チーム | 勝点 | 試合 | 勝ち | 引分 | 負け | 得点 | 失点 | 得失 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 奈良クラブ | 32 | 16 | 10 | 2 | 4 | 33 | 21 | +12 |
| 2 | FC岐阜 | 31 | 16 | 10 | 1 | 5 | 29 | 15 | +14 |
| 3 | SC相模原 | 31 | 16 | 9 | 4 | 3 | 26 | 15 | +11 |
| 4 | 鹿児島ユナイテッドFC | 31 | 16 | 9 | 4 | 3 | 29 | 19 | +10 |
| 5 | レノファ山口FC | 30 | 16 | 9 | 3 | 4 | 22 | 13 | +9 |
| 6 | FC大阪 | 29 | 16 | 8 | 5 | 3 | 27 | 16 | +11 |
| 7 | 愛媛FC | 29 | 16 | 9 | 2 | 5 | 31 | 25 | +6 |
| 8 | ロアッソ熊本 | 24 | 16 | 6 | 6 | 4 | 18 | 12 | +6 |
| 9 | ツエーゲン金沢 | 23 | 16 | 7 | 2 | 7 | 28 | 21 | +7 |
| 10 | AC長野パルセイロ | 23 | 16 | 7 | 2 | 7 | 22 | 21 | +1 |
| 11 | FC琉球 | 23 | 16 | 7 | 2 | 7 | 24 | 24 | 0 |
| 12 | 栃木SC | 21 | 16 | 5 | 6 | 5 | 15 | 16 | -1 |
| 13 | ギラヴァンツ北九州 | 19 | 16 | 5 | 4 | 7 | 21 | 24 | -3 |
| 14 | 福島ユナイテッドFC | 18 | 16 | 5 | 3 | 8 | 31 | 33 | -2 |
| 15 | 松本山雅FC | 17 | 16 | 4 | 5 | 7 | 15 | 18 | -3 |
| 16 | レイラック滋賀FC | 17 | 16 | 5 | 2 | 9 | 19 | 28 | -9 |
| 17 | ガイナーレ鳥取 | 15 | 16 | 4 | 3 | 9 | 15 | 30 | -15 |
| 18 | カマタマーレ讃岐 | 14 | 16 | 4 | 2 | 10 | 17 | 27 | -10 |
| 19 | ザスパ群馬 | 13 | 16 | 4 | 1 | 11 | 13 | 31 | -18 |
| 20 | 高知ユナイテッドSC | 9 | 16 | 2 | 3 | 11 | 10 | 36 | -26 |
各38試合。【昇格】上位2チームが自動昇格。3～6位がプレーオフを行う。【降格】下位2チーム（19位と20位）にJFL降格の可能性あり。【ライセンス】J2ライセンス（資格）がないと昇格できない。→J3大会概要 (Jリーグ公式)